http://forum.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=50より。
$ cd /usr/lib/jvm/java-1.5.0-sun-1.5.0.08/jre/lib/fonts/
$ sudo mkdir fallback
$ cd fallback
$ su
# cp /usr/share/fonts/truetype/ipamona/ipa* .
# mkfontscale
# mkfontdir

やっとできました。Javaの日本語豆腐問題の解決策です。
色々大変でしたが、良いサイトも多いみたいですね。