デフォルトの状態だと、Setting→Themesはこんな感じになってると思います。

ControlsにZukitwoが指定されており、このままだと右上にいる閉じるボタンとか最大化ボタンとかにカーソルを合わせると不自然に黒くなってしまいます。
多分、これはZukitwoがGNOME3.xチックなDark Themeな感じになっているためかと思います。
ついでにControls部をAdwaitaに変えてやるとこんな感じになり、

うまく色が反映されてるって感じですかね。

ちなみに、TweakからGlobal Dark Themeを切ってもダメな模様(つーかもともとOFFになっている)
そういうものだと諦めるか、ZukitwoのThemeをいじってどうにかする以外に方法は無いようです。

また、GNOME ClassicでTweakから設定して使ってもダメっぽい。
要は黒テーマにしたくないときはZukitwo使うなってことっすね。